Média
18 décembre 2009

La méthode P.C.R

Et si analyser l'ADN par un procédé de Réaction en Chaine par Polymérisation (en anglais PCR) servait à protéger la santé ? Dès 1996, c'est le pari tenu par les chercheurs de Veolia Environnement pour obtenir une vision très précise des micro-organismes présents dans et à proximité de ses installations. Le but : avoir une garantie supplémentaire de sécurité pour ses collaborateurs et pour les riverains et pouvoir réagir plus rapidement en cas d'alerte sanitaire.

De nombreux micro-organismes sont contenus à l'état naturel dans l'eau, l'air, les boues et les composts. Certains de ces micro-organismes peuvent être responsables de pathologies. L'enjeu pour Veolia Environnement est de disposer d'analyses exhaustives et fiables pour détecter de tels agents et prendre les mesures de sécurité adéquates.

Or jusqu'à présent, les méthodes d'analyses pouvaient réclamer plusieurs jours et surtout elles ne permettaient pas de détecter l'ensemble des bactéries présentes. La R&D s'est donc emparée du sujet pour mettre au point des méthodes de contrôle et une vérification supplémentaire de la qualité des différents produits distribués.

La solution multiplier l'ADN à la puissance N

En 1996, le Centre d'Analyse Environnementales (CAE) de Veolia et le Centre de recherche sur l'eau ont l'idée d'adapter une méthode de biologie moléculaire : la réaction en chaîne par polymérisation ou PCR, jusqu'alors employée dans le domaine médical et agro-alimentaire. La PCR consiste à copier en grand nombre une séquence ADN connue, à partir d'une faible quantité de cet ADN.

L'application de cette méthode PCR à l'analyse environnementale mobilise, au Centre de recherche sur l'eau, douze chercheurs de formation différente afin de croiser leurs savoir-faire. Un partenariat est également créé avec Gene Systems, société spécialisée dans le diagnostic par extraction d'ADN et le projet reçoit notamment le soutien financier de l'Agence de l'Eau Seine-Normandie.

La PCR, une technique d'analyse basée sur l'amplification de l'ADN

Grâce à la réunion de ces expertises, un protocole de recherche est mis au point, recouvrant quatre grandes étapes. Premièrement, les matrices (eau, boue, air,compost...) où risquent de se développer certains micro-organismes nocifs sont identifiées. Deuxièmement, on cherche à établir une signature génétique pour chacun de ces micro-organismes nocifs, afin de les reconnaitre par une séquence spécifique de leur ADN. Troisièmement grâce à cette signature génétique, on recourt à la méthode PCR pour amplifier très rapidement leur matériel génétique jusqu'à ce qu'il soit détectable. Quatrième et dernière étape délicate, on interprète le résultat obtenu.

Désormais, les microbes ne peuvent plus se cacher

L'application de la méthode PCR dans le domaine environnemental est une réussite : le protocole créé par les chercheurs de Veolia est reproductible, efficace et rapide. Ce procédé est appliqué dans les installations de Veolia pour s'assurer par exemple de l'absence de légionelles, du virus de l'hépatite A dans les boues, du champignon Aspergillus fumigatus, de mycobactéries, de cyanobactéries, etc.

Utile au quotidien en améliorant le contrôle microbiologique des sites et des produits traités, la méthode PCR s'avère également très efficace en cas d'alerte sanitaire. Ainsi, les légionelles sont détectées dix fois plus rapidement.

De l'importance d'un travail en partenariat...
« Nous avions besoin d'une aide spécifique dans les recherches et la mise au point de détection sur les mycobactéries, difficiles à détecter et pathogènes, et les cyanobactéries, au très fort potentiel toxique. Cet échange s'est révélé fructueux : pour ne prendre que le cas des mycobactéries, nous sommes passé de la possibilité de détection de 1% de la population présente à 100% ! »
Karine Delabre, responsable du programme PCR au Centre d'analyses environnementales