La méthode P.C.R

De nombreux micro-organismes sont contenus à l'état naturel dans l'eau, l'air, les boues et les composts. Certains de ces micro-organismes peuvent être responsables de pathologies. L'enjeu pour Veolia Environnement est de disposer d'analyses exhaustives et fiables pour détecter de tels agents et prendre les mesures de sécurité adéquates.

Or jusqu'à présent, les méthodes d'analyses pouvaient réclamer plusieurs jours et surtout elles ne permettaient pas de détecter l'ensemble des bactéries présentes. La R&D s'est donc emparée du sujet pour mettre au point des méthodes de contrôle et une vérification supplémentaire de la qualité des différents produits distribués.

En 1996, le Centre d'Analyse Environnementales (CAE) de Veolia et le Centre de recherche sur l'eau ont l'idée d'adapter une méthode de biologie moléculaire : la réaction en chaîne par polymérisation ou PCR, jusqu'alors employée dans le domaine médical et agro-alimentaire. La PCR consiste à copier en grand nombre une séquence ADN connue, à partir d'une faible quantité de cet ADN.

L'application de cette méthode PCR à l'analyse environnementale mobilise, au Centre de recherche sur l'eau, douze chercheurs de formation différente afin de croiser leurs savoir-faire. Un partenariat est également créé avec Gene Systems, société spécialisée dans le diagnostic par extraction d'ADN et le projet reçoit notamment le soutien financier de l'Agence de l'Eau Seine-Normandie.

Grâce à la réunion de ces expertises, un protocole de recherche est mis au point, recouvrant quatre grandes étapes. Premièrement, les matrices (eau, boue, air,compost...) où risquent de se développer certains micro-organismes nocifs sont identifiées. Deuxièmement, on cherche à établir une signature génétique pour chacun de ces micro-organismes nocifs, afin de les reconnaitre par une séquence spécifique de leur ADN. Troisièmement grâce à cette signature génétique, on recourt à la méthode PCR pour amplifier très rapidement leur matériel génétique jusqu'à ce qu'il soit détectable. Quatrième et dernière étape délicate, on interprète le résultat obtenu.

L'application de la méthode PCR dans le domaine environnemental est une réussite : le protocole créé par les chercheurs de Veolia est reproductible, efficace et rapide. Ce procédé est appliqué dans les installations de Veolia pour s'assurer par exemple de l'absence de légionelles, du virus de l'hépatite A dans les boues, du champignon Aspergillus fumigatus, de mycobactéries, de cyanobactéries, etc.

Utile au quotidien en améliorant le contrôle microbiologique des sites et des produits traités, la méthode PCR s'avère également très efficace en cas d'alerte sanitaire. Ainsi, les légionelles sont détectées dix fois plus rapidement.